有人提出了認知功能與社會功能相關(guān)的學(xué)說，認為心理認知缺陷損害了孤單癥患兒對他人精神狀態(tài)的理解能力，引起社會交往能力的缺乏，甚至對待人就如同對待無生命的物體，常錯誤理解別人有意識的行為。
神經(jīng)內(nèi)分泌和神經(jīng)介質(zhì)：
兒童行為與神經(jīng)介質(zhì)密切相關(guān)。有研究資料，認為中樞神經(jīng)系統(tǒng)5-羥色胺和(或)多巴胺活性下降。伴有下丘腦功能障礙則可產(chǎn)生孤單癥。也有認為本癥表現(xiàn)孤單、與別人建立不起感情等癥狀是因腦內(nèi)啡呔類物質(zhì)的神經(jīng)介質(zhì)作用異常導(dǎo)致。
免疫功能異常：
具有免疫功能的淋巴細胞數(shù)量減少，活性減低，抵抗感染的功能下降。
腦器質(zhì)性損害：
如產(chǎn)傷、宮內(nèi)窒息、感染、中毒等，15%~50%的患兒伴癲癇發(fā)作、腦電圖異常、腦CT、磁共振有非特異性改變。有的伴有神經(jīng)系統(tǒng)體征、軀體畸形等。先天性風(fēng)疹病毒感染、巨細胞病毒感染均可能與孤單癥發(fā)病有關(guān)。
遺傳因素：
部分患兒與遺傳因素有關(guān)，遺傳因素對孤單癥的作用已趨于明確，患本病的兒童同胞中有2%~6%患本病，單卵雙生子同病率高達36%。
多種病因：
不少研究顯示、孤單癥常與某些疾病同時存在，如脆性X綜合癥、肌營養(yǎng)不良、結(jié)節(jié)性硬化、先天性風(fēng)疹、苯丙酮尿癥和瞟呤代謝病等，故認為孤單癥是一個多種病因的神經(jīng)綜合癥。
